Papa je prvi put posjetio Hrvatsku 1994. povodom proslave 900. obljetnice Zagrebačke nadbiskupije. U svom govoru na euharistijskom slavlju na zagrebačkom Hipodromu 11. rujna, na kojem se okupilo gotovo milijun vjernika, Papa se osvrnuo na ratne prilike u zemlji. Tom je prilikom pozvao vjernike na opraštanje i prihvaćanje bližnjega te zalaganje za mir. Istaknuo je kako “oprostiti znači osloboditi srce osjećaja osvete, koja nije spojiva s izgradnjom kulture ljubavi u kojoj sudjeluje svojim vlastitim doprinosom svaki čovjek dobre volje“.

U svome drugom trodnevnom posjetu Hrvatskoj 1998. godine Papa se susreo s mladima pred zagrebačkom prvostolnicom te ih je pozvao da traže rješenja u svjetlu Evanđelja, a ne bijegom u hedonizam, konzumerizam, u drogama ili alkoholu. Drugog dana posjeta u marijanskom svetištu u Mariji Bistrici proglasio je blaženim kardinala Alojzija Stepinca, jednog od najvećih crkvenih velikodostojnika. Posjetio je i Split u povodu 1700. obljetnice grada i svetište Gospe od Otoka u Solinu.

Treći je put Papa boravio u Hrvatskoj od 5. do 9. lipnja 2003. Svoj je posjet započeo u Dubrovniku gdje je proglasio blaženom Mariju Propetog Petković, utemeljiteljicu družbe Kćeri milosrđa. U Osijeku se Papa obratio zemljoradnicima istaknuvši važnost njihova truda i da im se prizna „prava vrijednost u sveukupnome razvoju društvene zajednice“.

Na velikom euharistijskom slavlju u Rijeci, Papa je naglasio važnost obitelji te dodao kako brak i obitelj predstavljaju jednu od najvrednijih ljudskih vrijednost. Pozvao je roditelje da „preuzmu odgovornost ljudskoga i kršćanskoga odgoja svoje djece, koristeći se također pomoći odgojnih stručnjaka te ozbiljnih i dobro pripravljenih vjeroučitelja“. Petodnevni posjet Hrvatskoj Papa je završio u Zadru gdje se i oprostio od hrvatskih vjernika.

Iz govora pape Ivana Pavla II. hrvatskom narodu

„….Dragi Hrvati, uvijek gledajte naprijed! Imajte hrabrosti oprostiti i prihvatiti bližnjega. Očito, oprostiti ne znači odustati od zakonskih sredstava pravne države, kojoj je dužnost voditi istragu protiv počinitelja zločina. Oprostiti znači osloboditi srce osjećaja osvete, koja nije spojiva s izgradnjom kulture ljubavi u kojoj sudjeluje svojim vlastitim doprinosom svaki čovjek dobre volje. Mir pretpostavlja da u temelju svake inicijative budu uvijek iskrena volja za dijalogom, poštivanje prava svakog pojedinca, kao i nacionalnih manjina, nastojanje oko međusobne snošljivosti. Budite čvrsto uvjereni da dobro mira ima svoj zadnji temelj u srcu samoga Boga. Sami ste neposredno iskusili u kakve zablude može pasti jedno društvo koje u svoje temelje stavlja odbijanje Boga i prezir božanskog zakona. Kada se to dogodi, čovjek više nije prvotno dobro države, nego postaje objekt i sredstvo za postizanje protuljudskih ciljeva. Prošlost i suvremena povijest uče nas da prava vjera u Krista daje najsigurniji oslonac za očuvanje i promicanje ljudskog dostojanstva. I vi, žrtve rata – ranjenici, siročad, udovice, prognanici, izbjeglice – ostanite vjerni Kristu patniku. Prije gotovo 500 godina Marko Marulić, otac hrvatske književnosti, u prilikama sličnim današnjima, izrazio je užas vjernika pred tolikim patnjama koje su morali podnositi. Obraćajući se Bogu vapio je: „Tebi vičemo tužeći u plaču“, ali je potom nastavio s kršćanskom nadom: „Ako s nami stati budeš, Gospodine, hoće se odrvati narod ki sad gine“. I vi, Hrvati koji danas živite, možete računati na snagu koja dolazi od vjere. U ovom trenutku, kad se ponovno vraćam u Vatikan, sa sobom, kao uspomenu, nosim vaša lica, vaše oči u kojima sam čitao žarku želju da se sadašnjica popravi i da budućnost procvjeta. Svima, posebno mladeži, još jednom dovikujem: budite hrabri! Kao što su vaši pređi imali snage izdržati sve teškoće utječući se bogatstvu vjere, tako i vi, kršćani Zagreba i Hrvatske, znajte uvijek naći u Kristovoj riječi svjetlost i snagu za građenje vaše budućnosti. Tu svoju želju povjeravam zagovoru Djevice, koju vi u pjesmi zazivate „naša Majko, naša Zoro zlata“: neka Ona prati svaku vašu težnju, neka vas Ona utješi i neka podrži svakog pojedinca na njegovom trnovitom putu. Neka vas prati i moj blagoslov koji od srca podjeljujem vama, ovdje prisutnima, vašim dragima i svim sinovima dragog hrvatskog naroda. Bog blagoslovio Hrvatsku!“