Benedikt je rođen oko 480. u Nursiji, Umbrija kao dijete dobrostojeće obitelji. Tradicija uz njega spominje i njegovu sestru blizanku svetu Skolastiku.
U blizini njegovog rodnog grada u Kastorijanskoj dolini je u špiljama živjelo nekoliko monaha, tako da je Benedikt već u ranoj dobi dolazi u dodir s monasima i monaškim životom.
Poslan je na studije u Rim. U gradu kao i u cijelom Carstvu bilo je to vrijeme burnih događanja.
Od poroka svijeta i svjetske mudrosti, Benedikt bježi u Affile, gradić udaljen 50 km od Rima, živjeti asketskim životom.
Ne želeći slavu svijeta, koja mu se nudi nakon njegovog prvoga čuda, već samo i posve omiljeti Bogu, ostavlja Affile i traži samoću u dolini Aniene, u Subiacu. Tri se godine bori s demonima, napastima, sa samim sobom; moli se i trapi. Nastavi čitati Sv. Benedikt, opat